2016年初，根据学校南迁工作领导小组的部署安排，基础医学院在学校资产处、后勤管理处、保卫处、信息网络中心等部门的全力支持下，启动整体搬迁工作，由五台校区搬迁入驻江宁校区的新基础科研大楼。江苏省人类功能基因组学重点实验室作为第一批搬迁的部门之一，于1月24日正式启动搬迁工作，首批周转仪器由专业搬运公司运输至新场地。实验室的整体搬迁工作于4月上旬结束，经过四个月的整理和调试，2016年9月在新的基础科研大楼正式恢复日常科研工作。

新的重点实验室科研办公场地位于基础医学院新大楼A区二、三层，科研和办公用房总面积2500平方米，包括标准实验室8间，仪器室6间，功能性实验室5间，办公室、资料室及学生学习室共12间，会议室1间。重点实验室的整体面积扩大近1倍，科研用房的功能区域划分更严格，许多新的仪器设备正在采购添置中，实验室从人员结构到硬件设施都有新的发展。